Kawasan TN Sebangau terbentuk oleh formasi endapan alluvium (Qa) yang terdiri dari :
- Fisiografi Sebangau terdiri dari satuan lahan aluvial membentuk dataran rawa atau (floodplain) dan tanggul sungai (levee) dan satuan lahan kubah gambut (gambut ombrogen/oligotrofik) dengan tingkat kematangan fibric sampai
- Endapan alluvium sungai dan gambut/bahan organik
- Endapan bahan organik berwarna hitam sampai kehitaman dengan kedalaman mencapai 12 m, membentuk kubah gambut